La sede del Pontificio Seminario Romano Minore si trova a Roma, in viale Vaticano 42, prospiciente l'eliporto della Città del Vaticano; l'edificio venne appositamente costruito su progetto di Giuseppe Momo agli inizi degli anni 1930, ed entrò in funzione nel novembre 1933.

L'edificio si articola su tre lati attorno ad un cortile centrale quadrangolare; l'ala orientale è interamente adibita a Seminario, come anche parte di quella centrale, della quale fanno parte le due cappelle; quella occidentale, invece, ospita la Casa Bonus Pastor, struttura per pellegrini gestita dal Vicariato di Roma.All'interno dell'edificio, dal 1970-1972, trova luogo anche l'Istituto Pontificio Sant'Apollinare (che occupa interamente la quarta ala, lungo il versante meridionale, più bassa rispetto alle altre). Il palazzo, che si eleva per quattro piani, esternamente presenta un paramento murario in mattonicini marroni con elementi decorativi e architettonici in intonaco crema, come i timpani triangolari che adornano alcune finestre del secondo piano. Il portone d'ingresso, situato nell'ala est, è sormontato dallo stemma marmoreo di papa Pio IX, come anche la finestra centrale della biblioteca, posta al centro dell'ala nord, con affaccio sul cortile, al secondo piano. 

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